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PCR实验室各区功能及主要设备：试剂准备区：主要进行试剂的制备，分装和主反应混合液的制备。试剂盒用于样品制作的材料应直接运送至该区域。
样品制备区：主要进行样品的保存，核酸提取，贮存及其加入至扩增反应管和测定DNA的合成。 本区主要设备有冰箱，生物安全柜，离心机，加样器，振荡器等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染，压力一般设计为+10Pa。
扩增区：主要进行DNA扩增项目。已制备的DNA模板(来自样品制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂准备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。本区主要设备有：冰箱，加样器，离心机，扩增仪等。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶从本区漏出，压力一般设计为-25Pa。
扩增产物分析区：主要进行扩增产物的测定。本区主要设备有加样器，、和水浴箱等。本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域，压力一般设计为-25Pa。
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PCR实验室建设的几个注意事项：标准的四区分隔和气流控制：标准的四区分隔：试剂准备、标本制备、PCR扩增检测和扩增产物检测四个独立的实验区。每个独立实验区设置有缓冲区，空气压力严格按照试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区逐渐递减方式进行，防止扩增产物顺空气气流进入扩增前的区域。
消毒：在4个实验区和4个缓冲区顶部以及传送窗内部安装有紫外灯，供消毒用。在试剂准备区和标本制备区还设置移动紫外线灯，对实验桌进行局部消毒。
机械连锁不锈钢传递窗：试剂和标本通过机械连锁不锈钢（不建议使用电子连锁方式）传递窗传递，方便实验室工作人员传递物品又可减少实验室人员进出实验，确保试剂和标本在传递过程中不受污染室。
地面：室内地面建议使用PVC材质地面，具有耐腐蚀，耐磨损，平整度好，并且容易清扫。地角线用阴角铝装饰，严密性好且美观。
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PCR实验室管理细则规范：
试剂储存和准备区只能用于试剂的贮存和配置。
样品和标本处理区只能进行临床标本的保存，核酸提取、保存及其加入至扩增反应管，测定RNA时cDNA的合成。
扩增产物分析区只能进行DNA或cDNA扩增，实时荧光PCR扩增产物的分析。
PCR实验危险性较大，稍微不注意就可能造成事故的发生，所以在PCR实验室工作的人员要严格遵守上述规范。
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