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为了保证玻璃发酵罐正常运行，用户除了必须熟悉设备的工作原理与各部件的结构、性能作用以及管路、阀门的作用外，还应该重视和加强设备的维护与保养，只有做到设备精心维护才能保证设备处于好的状态，延长设备工作年限。
玻璃发酵罐的维护与保养可分为日常和定期两种方式，二者缺一不可。
日常检查维护：（设备运行中的监控内容应做好相应记录）系统压力、罐内压力是否稳定在规定范围。搅拌系统、控温系统、电磁阀响声是否正常。培养液颜色是否正常，温度、溶氧PH显示参数是否与设定符合。罐内液位是否正常。阀门管接头、各接口是否正常，有无泄漏情况。
定期检查维护：隔三个月，需对设备进行检查修正。断所有电源、水源、气（汽）源。仔细检查系统所有密封圈、密封端的情况是否正常。
如有老化、划伤、损坏，必须更换。检查除菌过滤器完好情况，有破损、堵塞现象就要更换。电机碳刷磨损情况与整流子、轴承、联接器、搅拌系统情况。
玻璃发酵罐罐体是直接与物料接触的场所。其表面光洁度的程度以及内部构件的清洁度是直接影响染菌的处于因素。
因此，在每次发酵结束后和再次使用前都必须及时清洗罐体及相关设备，清洗时应注意电器元件、电极接口，不能进水，受潮。清洗前应取出PH、DO电极按其要求保养（见电极保养）。
清洗玻璃发酵罐罐内可配合进水进气、电机搅拌、加温一起进行，如多次换水还不能清洗洁净，则要打开顶盖用软毛刷刷洗罐内部件。
方法如下：控制开关与电源开关，取下顶盖电极、电机及其连线插头。拔下进气胶管冷凝器快速接头拆下进气过滤器上胶管与接头；把顶盖连同搅拌一起垂直向上拆卸下来，并横置于平整桌面，垫好、不要碰撞轴和叶轮，用中性洗涤剂刷洗罐体及内部各部件。
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