自动进样器由计算机程序控制，按事先设定的取样程序（包括位置，取样时间，清洗时间），准确将样品取出。高精度蠕动泵精确定量输送样品和试剂，蠕动泵将试剂按事先固化好的顺序定量注入到化学反应模块中，均匀一致的空气气泡同时被注入到化学分析模块中，将每一个样品分割成组成相同的20-30段样品。样品和试剂在化学分析模块中经过惰性玻璃圈因为上下旋转而混合，因为经过透析器而被过滤和稀释，因为经过恒温器加热而加快反应，因为经过在线蒸馏器而被蒸馏，因为经过在线消化器而被消化，因为经过相分离器而被萃取，因为与显色剂反应而显色等等。总之所有的反应在化学分析模块中完成。然后显色的液体被驱赶到比色计中进行比色。控制软件记录峰高，与标准曲线L出浓度。因为系统在不断流动，自动进样器在不断取样，所以在计算机屏幕上能看到源源不断的每一个样品的测量结果。
双通道连续流动分析仪工作原理示意图
理论上分析仪在配备多个蠕动泵，多个化学分析模块和多个比色计的情况下一次可以运行测定多个参数。但是由于配制试剂的工作强度影响操作者的工作热情，建议一台机器只配备两个通道。
连续流动注射分析仪应用
自从1955年美国Technicon公司发明后经过六十多年的发展，现在在各行各业都有广泛应用。主要体现在如下领域：
●水和污水：挥发酚，阴离子表面活性剂，氨氮，总氮，总磷，硫化物，耗氧量等
●海水：营养盐五项，总氮，总磷，挥发酚等
●土壤肥料：各种形态氮，磷，钾，尿素等
●奶制品和肉制品：硝酸盐，亚硝酸盐等
●烟草及其制品：糖，氮，碱等
●食品及饮料：蛋白质，糖，挥发酸，硫等
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