肛裂：约25%的便秘儿童有肛裂。正常排便时肛门不会受损伤，但如果肛门所承受的压力超过一定程度，就会造成肛门撕裂出血。
痔疮：儿童因便秘会引发痔疮，另外还会引起一些泌尿疾病的症状。
影响智力发育：大肠中的细菌能将肠道中未被消化的蛋白质分解成氨、硫化氢等对人体有害的物质。长期便秘，有害菌产生的有毒物质不能及时排出而被肠道吸收，如果超出肝脏的解毒能力，毒素就会损害神经，造成儿童智力受损，使逻辑思维能力、创造力以及语言能力和记忆力都受到影响。
影响身体发育：儿童反复出现便秘，肠道的消化和吸收功能就会逐渐减退，不仅重要的营养成分不能送往全身，而且大肠杆菌还会在肠道大量繁殖，有害物质会侵袭身体各个器官组织，造成不同程度的损害。
易导致儿童遗尿：由于长期膨胀的直肠持续压迫膀胱，导致膀胱容量减少，并因反复刺激膀胱，可引起膀胱不可控制的收缩，即可产生遗尿。
诱发巨结肠病：婴幼儿及儿童时期的长期便秘没有得到及时治疗会引发后天的巨结肠病。轻者造成孩子一生便秘，影响正常生长发育，且没有有效药物治疗;重者引发急性小肠结肠炎或肠梗阻，导致死亡。